Index

A

ABUNDANCE_FILE (m2m_postaviz.data_struct.DataStorage attribute)

ALL_FILE_NAMES (m2m_postaviz.data_struct.DataStorage attribute) associate_bin_taxonomy() (m2m_postaviz.data_struct.DataStorage method)

B

bin_dataframe_build() (in module m2m_postaviz.data_utils) bin_exploration_processing() (in module m2m_postaviz.shiny_module) build_compounds_index() (in module m2m_postaviz.data_utils) build_dataframes() (in module m2m_postaviz.data_utils)

build_main_dataframe() (in module m2m_postaviz.data_utils) build_parent_child_dataframe() (in module m2m_postaviz.data_utils) build_pcoa_dataframe() (in module m2m_postaviz.data_utils) build_tree_from_root() (in module m2m_postaviz.data_utils)

C

check_and_rename() (m2m_postaviz.data_struct.DataStorage method) chunks() (in module m2m_postaviz.data_utils) col_value_to_percent() (in module m2m_postaviz.shiny_module) concat_bin_dataframe() (in module m2m_postaviz.data_utils)

concat_chunk() (in module m2m_postaviz.data_utils) construct_dict() (m2m_postaviz.lineage.Lineage method) correlation_test() (in module m2m_postaviz.data_utils) cpd_reached_plot() (in module m2m_postaviz.shiny_module)

D

DataStorage (class in m2m_postaviz.data_struct)

df_to_plotly() (in module m2m_postaviz.shiny_module)

E

extract_tarfile() (in module m2m_postaviz.data_utils)

F

file_exist() (in module m2m_postaviz.data_utils)

G

get_added_value_dataframe() (m2m_postaviz.data_struct.DataStorage method) get_all_tree_keys() (m2m_postaviz.data_struct.DataStorage method) get_bin_dataframe() (m2m_postaviz.data_struct.DataStorage method) get_bin_list_from_taxonomic_rank() (m2m_postaviz.data_struct.DataStorage method) get_bins_count() (m2m_postaviz.data_struct.DataStorage method) get_bins_list() (m2m_postaviz.data_struct.DataStorage method) get_compound_list() (m2m_postaviz.data_struct.DataStorage method) get_compounds_from_category() (m2m_postaviz.data_struct.DataStorage method) get_cpd_category_tree() (m2m_postaviz.data_struct.DataStorage method) get_cpd_index() (in module m2m_postaviz.data_utils) get_cpd_label() (in module m2m_postaviz.data_utils) (m2m_postaviz.data_struct.DataStorage method) get_cscope_producers_dataframe() (m2m_postaviz.data_struct.DataStorage method) get_factors() (m2m_postaviz.data_struct.DataStorage method) get_global_production_dataframe() (m2m_postaviz.data_struct.DataStorage method) get_iscope_producers_dataframe() (m2m_postaviz.data_struct.DataStorage method) get_iscope_production() (m2m_postaviz.data_struct.DataStorage method) get_keys() (m2m_postaviz.lineage.Lineage method) get_list_of_tests() (m2m_postaviz.data_struct.DataStorage method)

get_main_dataframe() (m2m_postaviz.data_struct.DataStorage method) get_metacyc_category_list() (m2m_postaviz.data_struct.DataStorage method) get_metadata() (m2m_postaviz.data_struct.DataStorage method) get_normalised_abundance_dataframe() (m2m_postaviz.data_struct.DataStorage method) get_normalised_iscope_abundance_dataframe() (m2m_postaviz.data_struct.DataStorage method) get_outsider_cpd() (m2m_postaviz.data_struct.DataStorage method) get_pcoa_dataframe() (m2m_postaviz.data_struct.DataStorage method) get_raw_abundance_file() (m2m_postaviz.data_struct.DataStorage method) get_sample_list() (m2m_postaviz.data_struct.DataStorage method) get_scopes() (in module m2m_postaviz.data_utils) get_significance_symbol() (in module m2m_postaviz.data_utils) (in module m2m_postaviz.shiny_module) get_size() (in module m2m_postaviz.data_utils) get_sub_tree_recursive() (m2m_postaviz.data_struct.DataStorage method) get_taxonomic_dataframe() (m2m_postaviz.data_struct.DataStorage method) get_taxonomy_rank() (m2m_postaviz.data_struct.DataStorage method) get_total_unique_bins_count() (m2m_postaviz.data_struct.DataStorage method) get_working_dataframe() (m2m_postaviz.data_struct.DataStorage method) global_production_statistical_dataframe() (in module m2m_postaviz.shiny_module)

H

HAS_ABUNDANCE_DATA (m2m_postaviz.data_struct.DataStorage attribute)

has_only_unique_value() (in module m2m_postaviz.data_utils) HAS_TAXONOMIC_DATA (m2m_postaviz.data_struct.DataStorage attribute)

I

ID_VAR (m2m_postaviz.data_struct.DataStorage attribute) is_indexed_by_id() (in module m2m_postaviz.data_utils)

is_valid_dir() (in module m2m_postaviz.data_utils) iscope_cscope_fill_difference() (in module m2m_postaviz.data_utils)

J

JSON_FILENAME (m2m_postaviz.data_struct.DataStorage attribute)

K

keep_working_dataframe() (m2m_postaviz.data_struct.DataStorage method)

L

Lineage (class in m2m_postaviz.lineage) load_files() (m2m_postaviz.data_struct.DataStorage method)

load_sample_cscope_data() (in module m2m_postaviz.data_utils) load_sample_iscope_data() (in module m2m_postaviz.data_utils)

M

m2m_postaviz module m2m_postaviz.bin_exploration_module module m2m_postaviz.cpd_exploration_module module m2m_postaviz.data_struct module m2m_postaviz.data_utils module m2m_postaviz.lineage module m2m_postaviz.overview_module module m2m_postaviz.shiny_app module

m2m_postaviz.shiny_module module make_pcoa() (in module m2m_postaviz.shiny_module) metabolites_production_statistical_dataframe() (in module m2m_postaviz.shiny_module) metadata_processing() (in module m2m_postaviz.data_utils) module m2m_postaviz m2m_postaviz.bin_exploration_module m2m_postaviz.cpd_exploration_module m2m_postaviz.data_struct m2m_postaviz.data_utils m2m_postaviz.lineage m2m_postaviz.overview_module m2m_postaviz.shiny_app m2m_postaviz.shiny_module

O

open_tsv() (in module m2m_postaviz.data_utils) (m2m_postaviz.data_struct.DataStorage method)

P

padmet_to_tree() (in module m2m_postaviz.data_utils) percentage_smpl_producing_cpd() (in module m2m_postaviz.shiny_module)

preprocessing_for_statistical_tests() (in module m2m_postaviz.data_utils) producers_dataframe() (in module m2m_postaviz.data_utils)

R

reached_compounds_plot_stats_tests() (in module m2m_postaviz.shiny_module) read_parquet_with_pandas() (m2m_postaviz.data_struct.DataStorage method) relative_abundance() (in module m2m_postaviz.data_utils) render_reactive_metabolites_production_plot() (in module m2m_postaviz.shiny_module)

render_reactive_total_production_plot() (in module m2m_postaviz.shiny_module) retrieve_all_cscope() (in module m2m_postaviz.data_utils) retrieve_all_iscope() (in module m2m_postaviz.data_utils) run_pcoa() (in module m2m_postaviz.shiny_module) run_shiny() (in module m2m_postaviz.shiny_app)

S

save_dataframe() (m2m_postaviz.data_struct.DataStorage method) save_seaborn_plot() (m2m_postaviz.data_struct.DataStorage method) sbml_to_classic() (in module m2m_postaviz.data_utils)

set_metadata() (m2m_postaviz.data_struct.DataStorage method) sns_clustermap() (in module m2m_postaviz.shiny_module) split_value_column_with_metadata() (in module m2m_postaviz.shiny_module) sum_and_concat_by_chunk() (in module m2m_postaviz.data_utils)

T

taxonomy_processing() (in module m2m_postaviz.data_utils)

total_production_by_sample() (in module m2m_postaviz.data_utils)

U

USE_METACYC_PADMET (m2m_postaviz.data_struct.DataStorage attribute)

W

wilcoxon_man_whitney() (in module m2m_postaviz.data_utils)

wilcoxon_mann_whitney() (in module m2m_postaviz.shiny_module)